城市更新项目参与主体多、处理环节多、支出构成复杂等特点，对税务处理产生重大挑战。为更好地指导城市更新项目不同情形的具体税务处理工作，除《广东省“三旧”改造税收指引（2019年版）》（粤税发【2019】188号）外，广州市税务局和广州市住建局于8月23日正式对外发布《广州市城市更新税收指引（2021年版）》（穗税发〔2021〕93号），对“三旧”改造、“三园”转型、“三乱”整治等不同应用场景改造环节涉及的税收处理作出指引。
（一）表面上的费用支付主体与实际的费用承担主体不一致
以旧村改造项目为例，由于项目推进过程复杂，需要较长时间才能最终确定项目改造主体，前期事项一般需要合作意向企业垫资推进，因此普遍存在改造项目开展实施方案编制、融资楼面地价评估、土地勘测定界、城市更新范围内的国土空间详细规划及相关专项评估编制等前期费用，均由合作意向企业垫资完成，同时合作意向企业向最终确定的改造主体公司收取额外服务费用。由此带来税务处理上最大的问题是，表面上的费用支付主体与实际的费用承担主体不一致，不同主体间如何将费用支出与改造项目衔接起来，一直是城市更新项目中的难题。
（二）跨度时间长
由于旧村改造过程中项目改造主体没有确定前，村集体经济组织需要做好前期的各项准备工作，特别是像广州市黄埔区试行旧村改造项目实施方案“先签约、后批复”，执行统一的拆迁安置补偿方案标准模版，前置拆补方案表决及拆迁协议签约，达到规定签约率后方能批复实施方案，改造项目在改造主体公司还没成立前，已经由意向合作企业完成前期的大部分工作。
（三）实务操作中具体情形与税收政策存在难以适用的困境
合作意向企业与改造主体公司是两个不同的主体，合作意向企业前期相关费用支出如何成为改造项目的成本，实务操作中具体情形与税收政策规定存在难以适用的困境。税收政策上对费用支出的管理主要有以下方面：
1、税收法律上对费用支出的原则性规定。《税收征收管理法》第十九条规定“纳税人、扣缴义务人按照有关法律、行政法规和国务院财政、税务主管部门的规定设置帐簿，根据合法、有效凭证记帐，进行核算”。纳税人需要根据合法、有效凭证进行核算，才能在税务处理上获得认可。
2、税收部门法上对费用支出的具体规定。由于每个税种税收征管的差异，对费用支出的管理要求的规定也各有特色。
增值税
费用支出主要通过增值税进项税额抵扣链条实现增值税管理，因此主要通过增值税专用发票实现全链条的管理，由《发票管理办法》和相关配套文件确定发票合法性，来认可各环节增值税进项税额抵扣的合法性。
土地增值税
政策上主要确定具体的扣除项目，如《土地增值税暂行条例实施细则》第七条具体列示了具体的扣除项目，但对扣除项目的证明方式没有具体明确，需要按照扣除项目结合税收管理加以确定。
企业所得税
对费用支出的扣除凭证形式作了较为全面的规定，除《企业所得税法》第八条规定支出需要与取得收入有关、合理的原则性规定外，《企业所得税税前扣除凭证管理办法》（国家税务总局公告2018年第28号）对各种支出的凭证要求均作出了详细的规定。
关于城市更新项目前期费用承担问题，实际操作中存在很大的争议，全国性的税收政策上也没有更清晰的规定，但对于具体城市更新项目又是无法回避的问题。关于此问题，《广东省“三旧”改造税收指引（2019年版）》作出原则性的操作指引，即在该指引的6.5.3.4关于土地增值税处理指出，“合作方支付的与改造项目直接相关的前期费用、拆除临迁费用、补偿安置费用以及搬迁奖励支出，项目公司成立后由其直接负担的，凭合法有效凭证、费用支出明细计入土地增值税的扣除项目”。该处理指引为改造主体承担前期费用确定了原则性的规定，但改造主体如何取得合法有效凭证在实务中仍然存在实操困惑。
为解决项目前期费用在不同主体衔接问题，《广州市城市更新税收指引（2021年版）》通过发票桥梁使前期费用衔接起来：
1、提出了发票开具的两种处理方式。一种方式是专业服务机构可将发票开具给村集体经济组织，由村集体经济组织通过转售应税服务的方式，再开具发票给合作意向企业或改造主体公司（指引1.1.1村集体经济组织）。另一种方式是专业服务机构开具发票给改造主体公司，或者开具发票给合作意向企业，合作意向企业通过转售应税服务方式，开具发票给改造主体公司（指引1.2.1合作意向企业）。最终实现改造主体获得应税服务的发票。
2、区分前期费用对应的两种不同性质费用。一是由专业服务机构提供具体服务项目，如项目方案编制、地价评估等具体项目发生的费用，即合作意向企业前期垫付、改造主体公司实际承担的费用。二是合作意向企业额外收取的服务费。
3、通过发票实现不同主体对前期费用税务处理上的衔接。根据上述指引的处理方式，两个不同主体之间就前期费用税务处理的衔接上，可以通过再开具发票的方式进行处理。由于发票既可以实现增值税抵扣链条的连续性，也是土地增值税和企业所得税税前扣除的合法凭证，通过转售相应的应税服务，解决城市更新项目中前期费用在不同主体之间衔接的问题。
4、前期费用与发票开具实际操作的相关问题。根据发票管理的相关规定，发票根据发生经营业务时开具，未发生经营业务一律不准开具发票，发票管理的具体要求对前期费用开具发票带来一定挑战：一方面，合作意向企业并不是具体服务项目的提供主体，其开具的发票与服务内容的衔接上，笔者认为，存在需要探讨如何突破发票管理要求。另一方面，按照转售相应的应税服务模式，由于前期服务费用涉及各种不同项目，合作意向企业向改造主体公司开具发票时，是分项开票还是汇总开票，按照什么标准开具发票，也是影响实际操作的难题。
城市更新项目涉及的费用问题，相对一般企业经营过程中发生的费用情况更复杂，为解决不同主体之间前期费用衔接的突出问题，《广州市城市更新税收指引（2021年版）》指出了转售服务提供发票的途径。实务税收操作中，坚持遵循客观性、相关性、合法性、合理性和完整性等基本原则的基础上，按照项目发生的真实费用情况开具发票，避免超出项目范围开具发票引发税收风险。
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